北京商贸学校商学系在建设发展过程中，以服务社会、服务行业、服务企业为宗旨，合理设置专业。目前设置专业有：铁道运输管理专业、产品质量监督检验专业（食品质量监督检验专门化）、食品生物工艺专业（食品营养与安全方向）、电子商务专业和物流服务与管理专业。
铁道运输管理专业是教育部“国家中等职业教育改革发展示范学校建设”重点建设专业，是北京市首设铁道专业。该专业以企业工作岗位为导向，构建人才培养体系。该专业与北京西客站开展校企合作，从2011年开始承担北京市西客站春运服务，学生实行“零距离”上岗，良好的专业综合素质得到企业的肯定与好评。
培养目标：培养学生具有扎实的铁道运输服务知识、良好服务意识，较强的职业技能，能够从事铁路客、货运输服务工作的初级技能型人才。
开设核心课程：客运员、铁路运输安全管理、货运员、铁路货运组织、列车员、旅客列车服务礼仪、售票员、铁路运输设备、铁路运输市场营销等。
产品质量监督检验专业（食品质量监督检验专门化）是教育部“国家中等职业教育改革发展示范学校建设”重点建设专业，2013年被评为“北京市示范专业”，该专业依托北京二商食品有限责任公司的行业优势，服务于北京两会食品安全。
培养目标：具有基本的职业素质和职业技能，能够从事食品营养评价、食品生产、食品生产过程及终端产品的质量检测、食品质量与安全控制等方面的初中级应用型技术人才。
开设核心课程:食品微生物检验技术、食品理化检验技术、食品感官检测技术、发酵调味品检测技术、肉制品检测技术、豆制品检测技术等。
食品生物工艺专业（食品营养与安全）是2014年新设专业，为社会输送服务于公众营养与食品安全的技能型人才。
培养目标：具有能在餐饮业、社区从事公众营养调查、营养教育、营养卫生指导和营养配餐工作；在食品生产企业、质量监督部门、宾馆酒店、超市或农贸市场、社区从事食品质量分析检测的一线应用型技能人才。
开设核心课程：食品生产概论、食品添加剂、功能性食品、食品安全导论、食品营养与卫生、营养与配餐、食品标准与法规等。
电子商务专业积极推广示范校专业建设成果，是目前示范辐射专业。电子商务专业学生在历年的北京市电子商务技能大赛中，多次荣获第一名的佳绩。
培养目标：具有良好的职业道德和社会责任感，电子商务职业岗位群专业知识和专业技能，具有较强的就业能力和一定的创业能力的实用型、技能型人才。
开设课程：电子商务基础、电子商务网页制作、商品e化、网站内容编辑、电子商务实务、网络网店运营、电子商务客户服务、商城运营、电子商务物流、电子商务综合实战等。
物流服务与管理专业积极推广示范校专业建设成果，是目前示范辐射专业。物流服务与管理专业符合社会物流行业发展需求，具有广阔的就业前景。
培养目标：具有必要的物流专业知识和比较熟练的物流专业技能、能按照物流作业流程
进行仓库货物保管、货物配送、货物快运、物流设备操作等工作，并运用物流信息技术及时处理业务信息、数据的现代物流应用型、技能型人才。
开设课程：物流专业技能、出入库作业、货物在库管理、物流信息处理、货物运输处理、货物配送、快递地面处理、快递后期处理、货代业务处理、物流客户服务等。
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